Το Μουσείο διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο και το Διευθυντή:

Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου: 

1. Σουλακέλλης Νικόλαος, Γεωλόγος Καθηγητής Πανεπιστημίου Αιγαίου,

Μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου:
2. Μουρτζάς Νικόλαος, Διδάκτορας Γεωλόγο,
3. Κουρτζέλλης Ιωάννης, Αρχαιολόγος της Εφορίας Αρχαιοτήτων Λέσβου, ως εκπρόσωπος του ΥΠΠΟΑ,  
4. Τσίκνας Παύλος, Πρόεδρος του Τοπικού Συμβουλίου Σιγρίου Λέσβου,
5. Ντρίνια Χαρίκλεια, Καθηγήτρια του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, 
6. Ακριώτης Τριαντάφυλλος, Επίκουρος Καθηγητής, ως εκπρόσωπος του Τμήματος Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου, 
7. Γκραικώτου Αδαμαντία, Δασολόγος, ειδικότητας ΠΕ Δασολόγων, Προϊσταμένη του Τμήματος Δασικών Προστατευόμενων Περιοχών και Δασικής Αναψυχής, ως εκπρόσωπο της Γενικής Διεύθυνσης Δασών και Δασικού Περιβάλλοντος του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας. 

Διευθυντής του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Απολιθωμένου Δάσους Λέσβου:

Ζούρος Νικόλαος, Γεωλόγος Καθηγητής Πανεπιστημίου Αιγαίου.