Το Μουσείο συνεργάζεται με το Πανεπιστήμιο Αιγαίου καθώς και με πολλά άλλα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Ιδιαίτερα στενή είναι η συνεργασία με το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, το Πανεπιστήμιο Πατρών και το Πανεπιστήμιο Κρήτης.
Διοργανώνονται επισκέψεις πεδίου και ασκήσεις υπαίθρου για φοιτητές προπτυχιακών και μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών.
Σε συνεργασία με πανεπιστήμια εκπονούνται διπλωματικές εργασίες, διατριβές MASTER και διδακτορικές διατριβές και διοργανώνονται θερινά εκπαιδευτικά σχολεία και προγράμματα κατάρτισης.
Κάθε καλοκαίρι πραγματοποιούνται προγράμματα θερινής άσκησης των φοιτητών.
Το μουσείο συνεργάζεται στα διιδρυματικά μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών:
- Φυσικοί Κίνδυνοι και Αντιμετώπιση Καταστροφών (Πανεπιστήμιο Αιγαίου - Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης - Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών)
- Παλαιοντολογία - Γεωβιολογία (Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης - ΕΚΠΑ - Πανεπιστήμιο Πατρών - Πανεπιστήμιο Αιγαίου - Πανεπιστήμιο Κρήτης)