Ειδικές εκπαιδευτικές και ενημερωτικές δραστηριότητες υλοποιούνται για σχολικές τάξεις από το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Απολιθωμένου Δάσους Λέσβου στα υπαίθρια Πάρκα του Απολιθωμένου Δάσους, το Πάρκο Απολιθωμένου Δάσους στη θέση Μπαλή Αλώνια, το Πάρκο Σιγρίου, το Πάρκο Πλάκας και το Θαλάσσιο Πάρκο Νησιώπης καθώς και ειδικές γεω-διαδρομές στη Λέσβο Παγκόσμιο Γεωπάρκο UNESCO.

Κατά τη διάρκεια των υπαίθριων εκπαιδευτικών δράσεων το Μουσείο ενθαρρύνει την ενεργό συμμετοχή των παιδιών, την παρατήρηση και την ανακάλυψη.