Το Μουσείο oργανώνει κάθε χρόνο προγράμματα εθελοντικής εργασίας στην περιοχή του Απολιθωμένου Δάσους. Κύριος στόχος του προγράμματος είναι η ευαισθητοποίηση για την προστασία του Απολιθωμένου Δάσους Λέσβου και η διάδοση γνώσεων γύρω από το Απολιθωμένο Δάσος και τη λεσβιακή φύση, στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Παράλληλα το πρόγραμμα προσφέρει στους εθελοντές που θα συμμετάσχουν μια μοναδική εμπειρία γνωριμίας με τις φυσικές ομορφιές και τον πολιτισμικό πλούτο της περιοχής ενώ ταυτόχρονα τους δίνει την δυνατότητα ανάπτυξης δεξιοτήτων που θα μπορούν στην συνέχεια να αξιοποιήσουν στην καθημερινή τους ζωή.

Οι τομείς προσφοράς εθελοντικής εργασίας περιλαμβάνουν την ενημέρωση και ευαισθητοποίηση του κοινού για το Απολιθωμένο Δάσος αλλά και το σύγχρονο φυσικό περιβάλλον της περιοχής, τόσο στο χώρο του Μουσείου όσο και στα Πάρκα του Απολιθωμένου Δάσους, τη διενέργεια ερευνητικών εργασιών, την υλοποίηση προγραμμάτων περιβαλλοντικής εκπαίδευσης. Οι περιοχές προσφοράς εθελοντικής εργασίας στον τομέα των εργασιών υπαίθρου περιλαμβάνουν την εργασία στα υπαίθρια Πάρκα αλλά και στην ευρύτερη προστατευόμενη περιοχή του Απολιθωμένου Δάσους για τη συγκέντρωση πληροφοριών σχετικά με τους φυσικούς πόρους της περιοχής. Παράλληλα οι εθελοντές προχωρούν σε εργασίες καθαρισμού και συντήρησης φυτικών και ζωικών απολιθωμάτων. Στους τομείς προσφοράς εθελοντικής εργασίας περιλαμβάνεται και η συμμετοχή στην υλοποίηση των εκδηλώσεων που διοργανώνονται από το Μουσείο στα πλαίσια της Γιορτής Αγροτουρισμού και των καλοκαιρινών εκδηλώσεων «Γιορτές της Γης».